Die Zündorfer Spezial-Synagogengemeinde ist aus der Mülheimer Synagogengemeinde hervorgegangen. Die Zündorfer Juden besaßen, wie auch die Mülheimer im 18. Jh. ein Bethaus, das durch die Überschwemmung von 1784 zerstört wurde. Die Judengemeinde der „Freiheit Mülheim“ ‘ wandte sich deshalb an den Kurfürst und bat ihn um Erlaubnis, eine neue Synagoge errichten zu dürfen, da die alte durch das Hochwasser zerstört worden war. In einem Protokoll wird berichtet, dass von zehn jüdischen Familien nur drei verschont blieben. Diese nahmen die von der Flut geschädigten Familien bei sich auf. Der Antrag auf eine neue Synagoge wurde zunächst abgelehnt. Fünf Jahre später baute man sie allerdings doch und weihte sie 1789 ein. Die Kosten dafür wurden von den Mitgliedern gezahlt. Seit dem Jahre 1817, nachdem die Judengemeinden zu Mühlheim und Niederzündorf sich der Obersynagoge Bonn angeschlossen hatten, führten sie jährliche Beiträge dorthin ab.

Am 1. April 1843 wandte sich der Kölner Regierungspräsident gegen die Bezeichnung der jüdischen Glaubensgemeinde als Kirche. Er bestand darauf, dass „diese unangemessene Bezeichnung‘‘ weder in den amtlichen Berichten und Verfügungen noch in den etwa zur Zensur vorgelegten Druckschriften, Kreisblättern usw. Verwendung finden sollte. Ansonsten hatten in den 1840er Jahren keine staatlichen Stellen Einfluss auf die jüdische Gemeinde in Zündorf genommen.

Das Gesetz über die Verhältnisse der Juden vom 23.7.1847 führte zur Entstehung der „Spezial-Synagogengemeinde Zündorf“. Die Juden, die aus dem Kreis Mülheim kamen, sollten eine einzige Synagogengemeinschaft bilden, die vorerst aus neun und einem Vorstand von drei Mitgliedern bestehen sollte. Der Vorstand hatte seinen Sitz in Mülheim, doch dort mussten auch Juden aus Zündorf vertreten sein. Trotzdem sollten diese Gemeinden getrennte Kosten aufbringen, die z.B. für Begräbnisse oder die Begräbnisplätze notwendig sein würden. Am 27. April 1853 überreichte der Landrat des Kreises Mülheim der königlichen Regierung von Köln einen von ihm entwickelten Organisationsplan. Er stellte fest, dass nach der letzen Volkszählung die Anzahl der jüdischen Bürger 155 betrug. Es wurde entschieden, weil einerseits in Mühleim und Umgebung und andererseits in Zündorf Juden wohnten, zwei Spezial-Gemeinden entstehen sollten. Die Teilnehmer einer Versammlung, an der der Handelsmann Andreas Salomon und der Metzger Cahn aus Niederzündorf teilgenommen hatten, erklärte, dass sie die Bestimmungen über die inneren Kultusangelegenheiten bis zur Selbstständigkeit der Zündorfer Gemeinde das Muster des Statutes der Kölner Judengemeinde benutzen wolle, in keinem Falle aber eine Vereinigung mit dem Deutzer Synagogenverband eingehen wolle.

Einige Juden waren nicht einverstanden. Am 3. Juli 1854 wurden die abgeänderten Statuten und die Synagogenordnung vom Vorstand mit der Bitte um Genehmigung überreicht. Am 9. Februar 1848 war dem Handelsmann Andreas Salomon und dem Metzger Cahn das Mandat erteilt worden, an einer Beratung über die Grenzen und Statuten der Gemeinden Mülheim/Rh. teilzunehmen.

Nach den Repräsentantenwahlen am 14. Juni 1853 beantragte der Landrat bei der Regierung zu Köln die Wahlen zu bestätigen, da ihm die gewählten Israeliten als „achtungswerte“ und „zuverlässige Männer“ geschildert worden waren. Durch ein Rundschreiben an den Bürgermeister Sternenberg von Urbach und an den Bürgermeister Busbach von Wahn, lud man folgende jüdische Gemeindemitglieder zur Wahl der Vorsteher und Stellvertreter ein: Lazarus Meyer, Abraham Wallach, Isaak Salomon, Jakob Tobias, Levi Cahen, Andreas Salomon, Aaron Meyer und Jakob Cahen. Am 1. Februar 1860 fand in der Mühlheimer Synagoge eine Ergänzungswahl statt. Am 4. Mai 1861 berichtete der Landrat von Mühlheim, dass der Vorstand der Synagogengemeinde aus Cahen Meyer, Simon von Geldern und Lazarus Meyer bestehe. Am 18.Mai 1864 fand die Neuwahl der drei Vorsteher, ihrer zwei Stellvertreter und der neuen Repräsentanten statt. Unter den neu gewählten Repräsentanten befanden sich Isaak Salomon und Abraham Wallach, welche jeweils 23 Stimmen erhielten. In den Vorstand wurden Isaak Salomon und Aaron Meyer, welcher auch Stellvertreter war, gewählt.